يُعد GeneBench-Pro معيارًا مصممًا لتقييم النماذج في مهام الاستدلال الجينومي المعقد، ويضم عشر دراسات حالة مفصلة تعرض أسئلة تمثيلية ومواد داعمة. توفر كل دراسة الحالة الموجه الأصلي (prompt)، وبيانات المجموعات، والسياق اللازم لتقييم أداء النموذج على تحديات بيولوجية محددة.
- تقدير الفائدة السريرية لمثبطات TXR1 الاصطناعية باستخدام أدلة القراءة الطويلة وعلم الصيدلة الجينومي.
- التمييز بين تبعيات lncRNA الخاصة بالنسخ عن التأثيرات القريبة من الموقع من خلال التحكم في اضطراب الحمض النووي المحلي والسمية الناتجة عن محتوى GC.
- إجراء عشوائية مندلية متعددة المتغيرات cis لتقدير تأثيرات المرض المباشرة مع التعامل مع اختلال الربط الجيني والتعدد الظاهري.
- حساب تواترات الناقلين المحددة بالنسل والمخاطر المتبقية باستخدام استدعاءات واعية بالجينات الزائفة وبيانات الهابلوتايب المؤسس.
- تحديد تأثيرات الطراز الجيني على تعبير الوحيدات الخلوية من خلال تصحيح الحمض النووي الريبي المحيطي والتلوث التقني في البيانات أحادية الخلية.
- تقييم الارتباطات السريرية للأنماط الفرعية الهيكلية المتداخلة داخل المواقع الشبيهة بالانقلاب، وفصل معايرة الجرعة عن دعم التعبير.
- قياس فروق قوة حلقات Hi-C من خلال إخفاء الاتصالات منخفضة القدرة على التعيين والعيوب الناتجة عن التباين الهيكلي.
- رسم خرائط لمواقع الصفات الكمية في المجموعات المتصالبة من خلال إعادة بناء النسل المؤسس من بيانات العلامات ثنائية الأليل.
- استنتاج نسب النسل المحددة للأبوين وتوقيت الاختلاط من مقاطع النسل المحلي المرحل بعد إصلاح العيوب المتبادلة.
- تحديد المواقع أحادية المجموعة الكروموسومية تحت الانتقاء الإيجابي باستخدام سلاسل زمنية لتواتر الألائل القديمة مع أخذ أخطاء التسلسل والانحراف في الاعتبار.
تسلط هذه الدراسات حالة الضوء على ضرورة قدرة النماذج على التعامل مع عوامل مربكة بيولوجية دقيقة، مثل اختلال الربط الجيني، والحمض النووي الريبي المحيطي، والعيوب الناتجة عن التباين الهيكلي، لإنتاج استنتاجات سريرية وبحثية قابلة للدفاع عنها.