Исследователи оценили потенциал биобезопасности фундаментальных геномных моделей, обучив линейные и внимательные зонды на замороженных активациях слоя 26 Evo 2 для скрининга устойчивости к антимикробным препаратам (AMR) в метагеномных данных. Исследование показало, что эти легкие зонды могут обнаруживать AMR с сильной дискриминацией, достигая ROC-AUC на уровне региона 0,977 с использованием зонда с однократным вниманием.

  • Линейные зонды достигли ROC-AUC на уровне региона 0,888, тогда как зонды с однократным вниманием улучшили этот показатель до 0,977.
  • Зонды разрешают более детальные подкатегории классов препаратов AMR и отделяют их от неродственных функциональных генов.
  • Вирулентность бактерий также была декодируема, хотя и слабее, с ROC-AUC на уровне региона 0,833.
  • Зонд AMR сохранил сопоставимую производительность ранжирования на смоделированных коротких чтениях без переобучения, достигнув ROC-AUC на уровне чтения 0,898.
  • В SynGenome метки промптов, связанных с AMR, были лишь слабо восстанавливаемы из последовательностей, сгенерированных Evo 1.5.

Эти результаты позиционируют зонды на основе встраиваний как быстрый и недорогой первичный слой обнаружения для метагеномного бионаблюдения, определяя сильные и слабые стороны использования представлений фундаментальных моделей для скрининга биобезопасности.